O planeamento e a estratégia da JF S. Sebastião assenta numa série de instrumentos que visam melhores práticas.

Tendo em vista a qualidade dos serviços promoveu-se no primeiro semestre de 2008 uma mudança organizacional que envolveu toda a organização.

Ao nível das instalações, as unidades orgânicas foram distribuídas do seguinte modo:

Unidades orgânicas:
- Serviço de secretariado e coordenação (SSC);
- Serviço de assessoria jurídica (SAJ);
- Serviço de assessoria técnica (SAT);
- Sector de administração geral (SAG);
- Sector de gestão financeira (SGF);
- Sector de gestão de equipamentos e requalificação do espaço público (SGEREP);
- Sector de intervenção social (SIS).